PCI-E接口在长距离传输中受到限制，主要是由以下几个关键因素决定的：

1. 信号衰减与频率特性

PCI-E接口设计用于高速数据传输，其信号频率较高。随着信号在传输介质（如铜缆）中的传播，高频信号会经历显著的衰减。衰减的程度与信号频率和传输距离直接相关，频率越高，衰减越严重；距离越远，衰减也越大。因此，在长距离传输中，PCI-E信号的质量会显著下降，影响数据的完整性和准确性。

2. 信号完整性挑战

PCI-E接口对信号完整性有严格要求，包括信号的幅度、相位、时序等参数。在长距离传输中，信号容易受到各种干扰和噪声的影响，如电磁干扰、电源噪声等，这些都会导致信号完整性受损。此外，传输线的阻抗不匹配、反射、串扰等问题也会进一步加剧信号完整性的挑战。

3. 传输介质限制

传统的铜缆传输介质在长距离传输高频信号时存在局限性。铜缆的电阻、电感、电容等电气特性会导致信号衰减、相位失真和串扰等问题。随着PCI-E接口速率的不断提升，这些问题变得更加突出，限制了铜缆在长距离传输中的应用。

4. 成本与复杂性

为了解决PCI-E接口在长距离传输中遇到的问题，需要采用信号放大器、中继器等设备。这些设备不仅增加了系统的成本，还提高了系统的复杂性。此外，这些设备本身也可能引入额外的噪声和干扰，进一步影响信号质量。

5. 设计初衷与应用场景

PCI-E接口最初是为设备内部的高速互连而设计的，旨在提供短距离、高带宽的数据传输解决方案。因此，在长距离传输场景中，PCI-E接口可能无法充分发挥其性能优势。相比之下，其他专为长距离传输设计的接口（如光纤接口）可能更适合这类应用场景。

6. 技术发展趋势

随着技术的不断发展，虽然PCI-E接口本身也在不断改进和升级，但长距离传输仍然是一个挑战。为了解决这个问题，业界正在积极研究和开发新的技术和解决方案，如PCI-E光互连技术。这种技术利用光纤作为传输介质，可以显著延长传输距离并提高信号质量。

概括来说，PCI-E接口在长距离传输中受到限制主要是由于信号衰减与频率特性、信号完整性挑战、传输介质限制、成本与复杂性、设计初衷与应用场景以及技术发展趋势等多个因素共同作用的结果。