麒麟9000E和麒麟990 5G在多个方面存在差异：

首先，从制程工艺来看，麒麟990 5G采用了7纳米制程工艺，而麒麟9000E则采用了8纳米制程工艺。这意味着麒麟990 5G在能效和性能上可能会更加出色。然而，值得注意的是，麒麟9000E也采用了先进的制程工艺，具体性能还需根据实际使用情况进行评估。

其次，从CPU和GPU性能来看，麒麟990 5G配备了三个不同性能级别的核心群组，包括两个大核心（Cortex-A76）和两个中等核心（Cortex-A76），以及四个省电核心（Cortex-A55）。而麒麟9000E则搭载了四个大核心（Cortex-A77）和四个省电核心（Cortex-A55）。在处理器设计和优化上，麒麟990 5G可能具有更高的性能。

此外，麒麟990 5G引入了华为自家的Da Vinci架构NPU（神经网络处理单元），支持更快速和高效的人工智能计算。而麒麟9000E也采用了华为自家的NPU，但具体性能和功能方面可能存在差异。这意味着两者在能效和性能方面有着相似的基础，但在AI计算方面可能有所不同。

另外，根据发布信息，麒麟9000E于2020年10月22日发布，采用5纳米工艺技术制造，具有3130 MHz的1个内核Cortex-A77、2540 MHz的3个内核Cortex-A77和2050 MHz的4个内核Cortex-A55。这一配置进一步展示了麒麟9000E在性能方面的特点。

综上所述，麒麟9000E和麒麟990 5G在制程工艺、CPU和GPU性能以及AI计算方面存在明显的区别。具体选择哪款处理器，需要根据个人需求和预算进行权衡。如需更详细的信息，建议查阅华为官网或相关科技新闻。